The Regular Army of the planet Jerra has been locked in a bloody civil war with the rebellious Nexrum Army, who believe that Earth should not be involved in governing its extraterrestrial colonies. The war has left most of the planet's infrastructure in rubble and has killed countless numbers of people. In response to the Nexrum's more advanced weapons, the Jerran Army developed the Most Dangerous Soldiers, which turned out to work too well; the MDS units attacked everyone, including their allies. One such soldier, MD-02 "Geist", was ordered placed in suspended animation aboard a stasis satellite and launched into Jerra's orbit.
Jahre nach den Ereignissen aus Teil 1: Seit dem Start des „Death Force“-Programms gibt es kaum noch Menschen auf Jerra. M.D. Krauser, ein Vorgängermodell von M.D. Geist, hat eine Gruppe der letzten Überlebenden um sich versammelt und bekämpft die „Death Force“. Als Geist überraschend wieder auftaucht, kommt es zum Kampf zwischen ihm und Krauser.
Auf dem Planeten Jerra bekämpfen sich die Regierungstruppen und die aufständischen Nexron in einem Krieg, den niemand gewinnen kann. Die Regierungstruppen setzen den Bio-Klon M.D. Geist ein. Wegen seiner außerordentlichen Gewalttätigkeit wird Geist aber selbst zur Gefahr und in einem Satelliten in den Orbit verbannt. Als der Satellit eines Tages abstürzt, kehrt M.D. Geist nach Jerra zurück. Er kommt einer fahrenden Festung der Regierungstruppen zu Hilfe, die von Rebellen angegriffen wird. Gemeinsam dringen sie in den »Brain Palace« ein. Colonel Crutes will dort den Start des »Death Force«-Programms verhindern, das Kampfmaschinen auf Jerra loslassen soll, die jedes menschliche Leben vernichten sollen. Doch M.D. Geist hat andere Pläne.
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